NOWOCZESNE METODY BADAŃ PRZEDKLINICZNYCH

ISBN: 978-83-8102-472-3

126 stron
format: B5
oprawa: miękka
Rok wydania: 2021

"Książka Nowoczesne metody badań przedklinicznych jest interesującą propozycją wykorzystania danych pochodzących z najnowocześniejszych technik farmakologii przedklinicznej w odkrywaniu nowych kandydatów na leki oraz w precyzyjnej spersonalizowanej diagnostyce chorób. Stanowi kompilację nowoczesnego podręcznika i przewodnika dedykowanego studentom kierunków medycznych, lekarzom, diagnostom laboratoryjnym oraz naukowcom, pragnącym poszerzyć swoją wiedzę z zakresu bioinformatyki i metod wysokoprzepustowych w dziedzinie Drug Discovery and Development (R & D). Zawarte są w niej schematy analizy danych z metod wysokoprzepustowych badania ekspresji genów, takich jak sekwencjonowanie RNA-sequence, sekwencjonowanie próbek z immunoprecypitacji chromatyny z przeciwciałem skierowanym przeciwko danemu czynnikowi transkrypcyjnemu regulującemu ekspresję genów (ChIP-sequence) oraz sekwencjonowanie całych eksomów (Whole Exome Sequencing, WES) w poszukiwaniu wariantów mutacji genów, które są protoonkogenami wywołującymi raka. Dane te są danymi wejściowymi do dalszych analiz szlaków ekspresji genów aktywowanych lub hamowanych przez dany lek, co ma istotne znaczenie terapeutyczne. Przewidywanie tego typu oddziaływań jest kluczowe w selekcji kandydatów na wyroby medyczne w oparciu o algorytmy sztucznej inteligencji. Ma również duże znaczenie w nowoczesnej diagnostyce nowotworowej, w której wykrywanie znanych oraz nowych wariantów mutacji w pierwotnym guzie nowotworowym lub przerzucie pozwala na przewidywanie rokowania pacjenta oraz umożliwia wdrożenie odpowiedniej terapii spersonalizowanej opartej na skutecznych lekach dedykowanych danemu pacjentowi".
Dr n. med. Anna Mucha-Małecka, Narodowy Instytut Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie, Oddział w Krakowie (fragment recenzji wydawniczej)

SPIS TREŚCI

Wprowadzenie

Rozdział 1
Bioinformatyka i sekwencjonowanie w badaniach przedklinicznych
1.1. Wykorzystanie oprogramowania GALAXY i R Studio oraz superkomputerów w analizie danych z sekwencjonowania
1.2. Metody zliczania poziomu ekspresji
1.3. Metody normalizacji danych z RNA-seq
1.4. Metody testowania różnicowej ekspresji (Differential expression, DE) dla danych RNA-seq
1.5. Analiza danych z RNA-sequence w R
1.6. TopHat i Cuffl inks
1.7. Analiza ekspresji różnicowej z wykorzystaniem DESeq2
1.8. Normalizacja w DESeq2
1.9. Platforma BasePairtech jako przykład automatyzacji procesu analizy danych pochodzących z technik wysokoprzepustowych
1.10. Dostępność różnych platform do sekwencjonowania, ustalenie parametrów stosowania tej metody ewaluacji ekspresji genów
1.11. Propozycja szczegółowego schematu analizy danych RNA-seq na platformie GALAXY
1.12. Przykładowy schemat analizy danych ChIP-sequence na platformie GALAXY

Rozdział 2
Nowa metoda diagnostyki nowotworów przy użyciu technologii sekwencjonowania całego eksomu (WES)
2.1. Studium przypadku przerzutu raka gruczołowego płuca do wątroby
2.2. Podsumowanie wyników WES

Rozdział 3
Wykorzystanie danych z mikromacierzy i RNA-seq w przewidywaniu efektu terapeutycznego działania leku

Rozdział 4
Oprogramowanie Amber do przewidywania oraz analizy oddziaływań ligand-receptor w poszukiwaniu nowych substancji terapeutycznych
4.1. Przepływ informacji w Amber
4.2. Programy symulacyjne
4.3. Programy analityczne pakietu Amber

Rozdział 5
Przegląd aktualnego globalnego statusu przypadków raka według danych WHO

Rozdział 6
Nanomedycyna przeciwnowotworowa i nowatorskie terapie leczenia raka

Rozdział 7
Modyfikacje popularnych leków przeciwnowotworowych z wykorzystaniem nanotechnologii

Rozdział 8
Nowe kierunki rozwoju leków przeciwnowotworowych w USA

Bibliografia

Spis tabel

Spis rycin